Djelatnost Crnogorske akademija nauka umjetnosti odvija se u 3 odjeljenja:

Odjeljenje prirodnih nauka
Odjeljenje društvenih nauka
Odjeljenje umjetnosti
zatim kroz rad Instituta za jezik i književnost "Petar II Petrović Njegoš" kao i mnogobrojnih odbora i drugih radnih tijela.

Odjeljenje prirodnih nauka
 
U Odjeljenju radi deset stalnih odbora i jedan komitet:

Odbor za zaštitu i unapredjenje čovjekove sredine,
Odbor za biološke nauke ( nekadašnji Odbor za faunu i floru),
Odbor za poljoprivredu i šumarstvo,
Odbor za medicinska istraživanja,
Odbor za tehničke nauke,
Odbor za matematičke, fizičke i hemijske nauke,
Odbor za efikasnu i racionalnu eksploataciju prirodnih resursa Crne Gore,
Odbor za geologiju i geografiju,
Odbor za podsticanje razvoja talentovanog naučnog i umjetničkog podmlatka,
Etički Komitet

Na realizaciji programa rada odbora angažovano je 157 saradnika.
 

Odjeljenje društvenih nauka
 
U Odjeljenju djeluje 9 stalnih i 1 projektni odbor:
Odbor za arheologiju,
Odbor za istoriju,
Odbor za etnologiju,
Odbor za ekonomske nauke,
Odbor za pravne i političke nauke,
Odbor za filozofiju i sociologiju,
Odbor za demografska istraživanja,
U okviru Odbora za istoriju djeluje Redakcija za izdavanje izvora za istoriju Crne Gore,
Odbor za pedagogiju i psihologiju.

U radu odbora ovog Odjeljenja učestvuje 179 saradnika.

Odjeljenje umjetnosti
 
Program rada OU realizuje se u okviru Institut za jezik i književnost "Petar II Petrović Njegoš", kao posebne organizacione jedinice Akademije, i u 5 odbora:

Odbor za likovne umjetnosti,
Odbor za muzičku umjetnost,
Odbor za jezik,
Odbor za knjizevnost,
Odbor za filmsku i pozorišnu umjetnost,
U rad odbora Odjeljenja unjetnosti uključena je 85 saradnika.